put ... in xxx で「xxxに…を入れる」という言い方です。
「コーヒーにクリームを入れる」なら
put cream in my coffee
となります。
ーI put jam in my tea instead of sugar.
「砂糖の代わりに紅茶にジャムを入れる。」
instead of 「〜の代わりに」
ーI often put jam in my tea rather than sugar.
「砂糖ではなく紅茶にジャムをよく入れる。」
rather than「〜ではなくて」
ご参考まで!