通りでなんか変やと思ったって英語でなんて言うの?
違和感を感じてはいたが、何が間違っているのかわからなかったときに。
回答
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I knew something was wrong.
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I thought something was strange.
「正体のわからない何か」を指すためには"something"を使うと良いでしょう。後は「変」の解釈ですね。
後から見て何か明確に間違いがあったときには例一つ目のように"wrong"と訳しましょう。ネガティブなニュアンスが強いので注意してください。
逆に違和感の正体が些細な違いやミスだった利した場合には"strange"を使いましょう。
"wrong"とまでは言えない状況はあっても、"strange"と言って誤まりな状況はほとんどないのでこだわりがない場合"strange"と表現する方が無難かもしれませんね。
なお前半部分はI knewでもI thoughtでもどちらでも構いませんが、後者の場合はthought に強いイントネーションをかけないと質問者様の意図するニュアンスは伝わらないので注意してください。