My objective changed from wanting to become the store manager in a years time, to wanting to become the second in charge in a years time.
これが直訳と違いますが、伝えたいことを表現できる言い方になると思います。
目標 my objective/my goal
一年後 in a years time
店長 store manager
になる become
から from
2番手 second in charge/deputy manager
変わった changed
参考になれば幸いです。