最初の言い方は、「あなたの部屋の準備ができているので、チェックインができる」というニュアンスが表現しています。ビジネス系の英語は普段日本語の敬語より直接感があります。簡単だけではなく、意味もちゃんと伝わってくるので、この言い方をお勧めします。
二つ目の言い方は原文「お部屋はすでにご用意できております」と近い言い方です。勿論この言い方も間違っていないので、ご自由に利用してください。しかしながら、二つ目の言い方を使用したら、流れは下記になっています。
Your room has already been prepared. You can now check in.
ご参考になれば幸いです！
マレーシア 
