all overの意味は「あちこち」になります。良く使うフレーズです。
痛むは言い方が複数あります。
hurtとsoreの違いは、hurtが動詞で使いますが、soreは形容詞になります。
例えば、「腕が[痛い](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/36238/)です。」と言いたいなら、
My arm hurts. または My arm is sore. と言えばだいたい同じ意味になります。
「インフルエンザで[高熱](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/74222/)が出て、体のあちこちが痛む」は英語でいうと
Because of the flu, I have a high fever and my body hurts all over.になると思います。
ちなみに、今回のbecause ofは「インフルエンザで」の「で」という意味です。
Naokoさんへ
だいぶ以前のご質問への回答となり恐れ入りますが、
別の表現を紹介させて頂きます。
「[身体](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/65811/)中」を、別のアンカーさんが表現されているように、
all over を使って、all over my body と言えます。
I have pains all over my body.
「身体中に、[痛み](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/55578/)がある」
という意味です。
・・・少しでも参考として頂けますと幸いです。
アスリート・イングリッシュ・マイスター
前川 未知雄