次の電車は、青のライン、二番目の電車は、緑のラインに並んでくださいって英語でなんて言うの？

Please wait on the blue line for the next train and the green line for the train after that. 次の電車には青のラインの上で、そのあとの電車には緑のラインの上でお待ちください。 「並ぶ」という表現は wait in line と言います。今回の場合はすでに「ラインの上で」ということなので、そのまま「ラインの上で待つ」と言った方が言葉の繰り返しにならなくて良いと思います。