「ギリギリ」というところは just にすれば適している言い方になると思います。
「間に合わない」は not on time がもっとも使われている表現です。
電車を乗る場合で、「ギリギリ間に合わなかった」というのは I just missed it が日常会話的な言い方になります。
これが(乗り遅れる)ということになります。
例文 That's so annoying! I just missed my train.
「悔しい!電車をギリギリ間に合わなかった。」
参考になれば幸いです。
・I just missed the train.
「電車にギリギリ間に合わなかった」
just missed は、
「ほんの少しの差で逃した」
というニュアンスがあります。
かなり自然な日常英語です。
・I almost made it, but I missed it.
「あと少しで間に合ったんだけど、ダメだった」
almost made it は
「ほぼ間に合った」
という意味です。