この場合の~ってどうやってできるのは~ってどうやって
作られてるのと言う意味だと思うので
how are ー made と言う表現になります。
複数形でない場合は how is a/an ー made です。
子供向けな質問になってる感じですがもう少し
大人びた感じな質問にしたい場合は made を
formed に変えるだけで良いと思います。
How are crystals formed?
How do crystals form?
How is a crystal made?
「クリスタルってどうやってできるの?」のような、
「〜ってどうやってできるの?」
は英語では、
How is 〜 made?
How does 〜 form?
How is 〜 formed?
などで表現できます。