仕事はどうしたの？って英語でなんて言うの？

いきなり職場からいなくなるのは何かがあったと思うので
まずは大丈夫など気に掛けてることを伝えた方が良いと思います。

どうしたの は what happened で良いと思います。
何かあったか聞いてる感じです。

「だいじょうぶ？仕事はどうしたの？」
"Are you alright? What happened to work?" など

仕事中に急に同僚さんがいなくなったから、メールして聞いているわけですよね？
いろいろな聞き方ができると思いますが、いくつか紹介しますので、参考にしてください。

ーWhy aren't you at work?
「なんで仕事場にいないの？」

ーHow come you're not here anymore?
「なんでいなくなっちゃったの？」
How come ...? も「なぜ・どうして」という聞き方です。

ーWhere did you go?
「どこ行ったの？」

ーWhat happened to you?
「どうしちゃったの？」

ご参考まで！

1)’仕事はどうしたの？’
何か仕事で起こったの　の直訳から。
to happen 起こる、生じる　
2)’何か仕事であったの？’←1)と比べ、もう少し限局した言い回しです
something 何か
3)’仕事はどうなっているの？’
What's going on ~? ~はどうなっているの

おっしゃられている内容は、以下のようにも表現できると思いました(^_^)
Where are you? What happened?
「どこに居るの？何があったの？」

完全な意訳ですが、おっしゃられている文脈だと、これでも良いと思いました(^^)

以上です。
少しでも参考になれば幸いです(^_^)