ご質問ありがとうございます。
「机の上の本は誰のですか」を英語にすると、Whose book is on the deskになります。申し訳ありませんが、挙げた例文の方はどちらも正しくありません。選んだ単単語を見ると、正しく選ばれていますが、順番が違いますので、通じない人は多いと思います。
単語
Whose 誰の
book 本
on 上
desk 机
順番としては必ず「Whose何」から始まります。今回はbookのことです。また、1冊なので、isをつけます。単数形です。最後に本の「どこ」を言います。最初はon、underを言い、終わりは「何の上・下などにいるか」を言います。
ご参考になれば幸いです。