What ingredients were in the paella you ate last night?
答え2のほうは直訳と近いのですが、普通に言うと食事の中のことを聞く時に what is/was in the ~ になります。
例文 What was in the hamburger you had for lunch?
「ランチで食べたハンバーガーの中にはどんな食材が入っていたの?」
例文 What ingredients are in the soup?
「スープの中にはどんな食材が入れるの?」
参考になれば幸いです。