他のアンカーの方が回答されている回答で、ほぼ被ってしまいました（笑）
「先生」とお医者さんを呼びかける時には Doctor と表現します。
cause は動詞でもあり、名詞にもなります。
1番目は「何が原因ですか？」という意味になり、what が現在形三人称単数扱いになりますので、cause に s が付きます。
2番目の cause は 名詞ですので、what is the cause（その原因（単数形）は何ですか？）と原因は１つに絞って聞いています。 What are the causes...? という聞き方もありです。 その場合は日本語では同じく「原因は何ですか？」ですが、原因を１つではなく複数の原因を知りたい場合に使います。
お役にたてば幸いです☆
Have you any idea why I'm getting these headaches?
You've been getting headaches for weeks now.
You think it could be because you are going through a divorce at the moment.
You feel stressed and uptight, can never relax.
You visit your doctor and he asks a lot of questions.
After your examination, he sits down at his desk and says, "Mmmmmmm, mmmmmmmmm."
After a few moments you ask:
"Have you any idea why I'm getting these headaches?"
"Well, I believe they are stress-related. I am going to recommend you have a week off work and take a complete break.
A change of scenery would also be good if you can get out of town."
"Thanks, I'll try it!"
一週間も続く頭痛の中、これはきっと離婚のせいなんだろう、あなたはそう思った。
ストレスでキリキリする中、最近はリラックスする時間なんてありません。
医者を訪ねて行くと、いろんなことを聞かれて検査が行われた。
検査の後、椅子に座る医者はうねり声を上げながらこう尋ねた。
会話例
"Have you any idea why I'm getting these headaches?"
なんでこんな頭痛が起きるのか理由はわかりますか？
"Well, I believe they are stress-related. I am going to recommend you have a week off work and take a complete break. A change of scenery would also be good if you can get out of town."
んー、多分ストレスの関係だと思いますよ。1週間くらい仕事を完璧に休無ことをお勧めします。街を出て、綺麗な景色でも見てくればいいのではないですか？
"Thanks, I'll try it!"
ありがとう。そうしようかな。
>Doctor, why do I get these headache's?
This is asking the Doctor dirctley if he knows why you get the headaches.
>What do you think causes these headache's?
*What do you think= This asking what he thinks it can be without having to run any test.
>What can be the reason for the headache's?
This sentence is basically the same as the 1st sentence.
Doctor, why do I get these headache's?
医者に頭痛の原因を尋ねる時の表現です。
What do you think causes these headache's?
*What do you think= 検査する前の段階でどう思うか尋ねることを意味します。
What can be the reason for the headache's?
基本的に最初の文と同様です。
I asked the doctor to give me his diagnosis...on the the source of my headaches.
A medical opinion is called a diagnosis;-D
In this case the doctor will draw on his practical experience and knowledge
to provide an iformed opinion or answer as to what is wrong with us and why?
example
"What do you think is the reason for my headaches".
or
"what is the cause of my headache".
or
"what do you think is the origin of my headache".
or
"what is the source of the pain in my head".
Origin and source can also be used
instead of the word cause.
例文
"What do you think is the reason for my headaches".
私の頭痛の原因は何だと思いますか？
"what is the cause of my headache".
私の頭痛の原因は何ですか？
"what do you think is the origin of my headache".
私の頭痛の原因は何だと思いますか？
"what is the source of the pain in my head".
私の頭痛の原因は何ですか？
Originとsourceは、causeという語の代わりに使うことが出来ます。
If you want to ask your doctor what is creating headaches you can ask using the sentences above.
Sometimes headaches can be caused by stress, unhealthy eating or an ailment of some kind.
"Doctor, can we find the root cause of the headache?"
Root cause: at the bottom, the deeper meaning, underlying meaning
"Why is this happening doctor? Why am I having this headache?"
これらは、お医者さんに頭痛の原因が何か聞きたいときのフレーズです。
頭痛は、時にはストレスや、不健康な食事、ある種の病気によって起こります。
"Doctor, can we find the root cause of the headache?"
（先生、頭痛の原因を見つけることはできますか？）
Root cause: 原因
"Why is this happening doctor? Why am I having this headache?"
（先生、どうしてこうなったんでしょう？どうして頭痛があるのでしょうか？）
日本 
アメリカ合衆国 
イギリス 
南アフリカ 
