Could I get that in two separate boxes? Two in one box and three in the other
Could you separate the order into two boxes?
こういった場合は「Could I get that in two separate boxes? Two in one box and three in the other」や「Could you separate the order into two boxes?」と表現できますね。
最初の例文は"別々の箱に入れてくれますか?ひとつの箱に2個、もうひとつに3個"となります。こちらの例では「separate」で"別々の~"と言い表してます。
次の例文は変わって"注文をふたつの箱に分けてくれますか?"となります。こちらの例の場合では「separate」は"分ける"と言う意味になります。
Can you put two of them in one box and three in another?
Can you put them in two different boxes, two in one box and three in the other?
ーCan you put two of them in one box and three in another?
「2つを一つの箱に、3個は別の箱に入れてもらえますか?」
put ◯ in one box and ◯ in another を使って、2つの箱に別々に入れることを言えますね。◯の部分に個数を入れてください。
ーCan you put them in two different boxes, two in one box and three in the other?
「2つの箱に分けて入れてもらえますか?1つの箱に2個、もう一つに3個。」
put ... in two different boxes で「2つの異なる箱に…を入れる」となり、別々の箱に入れて欲しい時に使える言い方です。
ご参考まで!