Huh! You've been awake? Since when have you been awake?
Huh! You were awake? Since when were you awake?
この場合の起きていたは you've been awake と言う表現を
使うのが良いと思います。
半過去形で you were awake と言うのも有です。
どちらかと言うと後者が言いやすいのでよく使われます。
いつから は since when と言う表現を使うと良いです。
いつ が when で から が since になります。