You've got sock marks on you. It's OK they'll go away quickly
靴下の跡は sock mark などと言います。
跡が多い感じであれば複数形で sock marks です。
消えるは to disappear ですが小さい子供にはどっか行っちゃうと言う
意味で go away の方が伝わりやすいかもしれません。
すぐには quickly などが良いです。
慰めるつもりで大丈夫と言いたい場合は it's OK などの表現がおすすめです。
この場合、次のような言い方が自然で良いでしょう。
A: What's this from? Can you get it off?
「これなに?取って」
B: It's from your socks. It'll disappear soon.
「靴下でついたんだよ。すぐに消えるよ」
または次のようにも言えます。
ーIt'll be gone in a while.
「しばらくしたら消えるよ」
ご参考まで!