『誰が?」という疑問文なら Who + 動詞 の形になりますが、「誰を」や「誰と一緒に」と聞く疑問文なら Who + 疑問文 の形になります。
この場合、「誰がプリンを食べたの?」なので Who + 動詞 の形になります。
ーWho ate the pudding I had in the fridge?
「冷蔵庫に入れていたプリンを食べたのは誰?」
ーI wonder who ate the pudding I put in the fridge.
「冷蔵庫に入れておいたプリンを食べたのは誰だろう。」
ご参考まで!