Communicating with people when I can't see their face makes me feel uncomfortable.
このシチュエーションに「気持ち悪い」という部分は makes me feel uncomfortable にすればいいと思います。
これが「違和感がある」と相当することですので、この場合にぴったりな表現になると思います。
例文 I'm not very good at communicating with people when I can't see their face and things like audio meetings and online chats make me feel uncomfortable.
「音声会議とかチャットのような顔が見えないコミュニケーションが苦手、違和感がある。」
参考になれば幸いです。
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