The shaft can not be leveled, because a part is missing.
The shaft can not be leveled, because a part is missing. とシンプルに伝えることはできますが、相手に伝える場合に大切なのは、どこの部品がどのような状態になったのかを伝えられると聞き手もわかりやすいかなと思いました。
例えば、The shaft can not be leveled, because a part is damagedですと、『1つの部品が損傷したので軸を水平にできません。』となります。もう少し現状を具体的に伝えるには、その部品がどこの部品なのか、現状は欠けているのか割れているのかまたは機能しなくなってしまったのかなどなど、ほんの少し状況を具体的にすると伝わりやすいかもしれませんね。
仮に『その部品が軸を支えている部品で、その部品が欠けてしまったため軸の水平が取れなくなったという状況』であれば、
The shaft can not be leveled because one of the supports is chipped. と説明できますね。
欠損するを『欠けている、一部が不完全になる、抜けている』とするならば、以下のような単語を用いて表現してもよいと思います。
Chipped 欠けた
Missing あるはずのものが無い
Damaged 損傷した
Cracked ひび割れた
Defective 欠陥のあるまたは、正常に機能しない