なんで提出が遅れたんですか？って英語でなんて言うの？

一番目の"Why was the submission delayed?"は受け身を使っているので、三番目の"Why were you late with the submission?" (なぜあなたは提出に遅れたのですか？）という"you"を使わないので、少し遠回しな言い方にはなっています。同じく、二番目の"Why was there a delay in the submission?"も"you"という単語を避けているので、直接相手を非難しないフレーズです。何かやむを得ない事情があったのかもしれない、という意味で相手に弁解する機会を与えているフレーズと考えられます。