The books are all different sizes so it's difficult to store them in the bookshelf neatly.
ご質問ありがとうございます。
「本のサイズはばらばらなので、本棚に整然と収納しにくい」は英語で言いますと「The books are all different sizes so it's difficult to store them in the bookshelf neatly.」になると思います。
「サイズはばらばら」は「all different sizes」と訳しました。
「本棚」は「Bookshelf」です。
「整然」は「Neatly」と訳しました。
「収納する」は「To store」です。
「しにくい」は「Difficult to~」ですね。
役に立てば幸いです。