眼鏡かけてない方が好きって英語でなんて言うの？

こんにちは。質問者さんの例文を訳すと

「あなたがメガネをかけるよりあなたが好き」
「あなたがメガネをかけるよりあなたはいい」　というかんじ文章になってしまいます。

二つの例文を紹介しますね。
You look better without glasses.　「メガネなしのほうがかっこいいよ。」
Look better without...で「〜が無いほうが格好いい、素敵にみえる」という意味です。男性にも女性にも使えます。

I don't think those glasses suit you very much. 「そのメガネがあなたに似合うとは思いません。」→「そのメガネあまり似合ってないと思うよ。」

質問文とはニュアンスが異なりますが、もしかけているメガネが問題ならこう言ってもいいと思います。

I like you better when you don't wear glasses.
直訳すると、メガネを掛けていない時あなたがより好きです、となります。

(NO NAME)さんがお書きになったように than（〜よりも） を付けるとするならば
まず
I like you better when you don't wear glasses （私はメガネを掛けていない時のあなたの方が好きです）
と作ります。次に
than when you do.
（あなたがメガネを掛けている時よりも）
とすれば OKです。doは前述のwear glassesの繰り返しを避けるために使われます。
ただこれだと文全体が長く、than以下は言っても言わなくても既に意味は伝わっているので、省略した方がシンプルです。
when以下がないと何故好きなのかが伝わらないので、まず「メガネを掛けていない時のあなた」を先に言いましょう。

二つ目の
You look better without glasses.
も、
まず「メガネを掛けていないあなた」が好きであることを伝えることが重要ですので、
You look better without glasses
（あなたはメガネを掛けていない方がステキですよ）
とし、あえてthanを付けるのであれば
than with them.
（メガネを掛けているよりも）
と続けることができますが、これもthan以下は不要ですよね。
なので You look better without glasses. だけでOKです。

比較級の文を作る時はthanを後ろに付けるものだとつい思ってしまいますね。付けなくても意味が通じる場合も多いですので、難しく考えずにまず何が好きなのかを伝えるよう心がけてみてくださいね。