カカオ９９％のチョコを食べた時とても苦かったのが衝撃的でしたね。
食べたかと思った は I thought I ate と表現すると良いと思います。
後者の I thought I had を使うのも有です。
「チョコが苦すぎて炭を食べたかと思った」
"The chocolate was so bitter I thought I ate ash"
「食べた」は英語で "ate" 、「〜と思った」は "I thought I~" と文章を始めます。
例文：
I thought I ate chocolate, but it somehow tasted salty. 「チョコレートを食べたかと思ったけど、なぜか塩辛かった。」
I thought I ate syrup, since it was so sweet. 「甘かったのでシロップを口にしたかと思った。」
ご参考になれば幸いです。
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