I didn't know I wouldn't be able to see you for this long.
I didn't know we wouldn't be able to see each other for so long.
ーI didn't know I wouldn't be able to see you for this long.
「こんなに長い間あなたに会えなくなるとは思わなかった。」
not be able to see you for this long で「こんなに長い間あなたに会うことができない」
ーI didn't know we wouldn't be able to see each other for so long.
「こんなに長い間会うことができなくなるとは思わなかった。」
not be able to see each other for so long でも「長い間(お互いに)会うことができない」と言えます。
ご参考まで!
I didn't think we wouldn't be able to see each other for so long.
I didn't think we wouldn't be able to see each other for so long.
こんなに長い間お互いに会えなくなるとは思いませんでした。
上記のように英語で表現することができます。
didn't think を never thought(思ったことなかった)のように変更しても良いでしょう。
例:
I never thought we would be apart for so long.
こんなに長い間離れ離れになるなんて考えたことなかった。