ーI don't think he understood what you said.
「彼はあなたの言ったことを理解していないようです。」
I don't think he understood で「彼は理解していないようだ」と言えます。
what you said 「あなたの言ったこと」
ーIt doesn't seem like he got what you were trying to say.
「彼はあなたの言おうとしていたことを理解していないようです。」
It doesn't seem like he got ... でも「彼は理解していないようだ」と言えます。
what you were trying to say「あなたが言おうとしていたこと」
ご参考まで!
S seems to~=「Sは~するようだ・~するよういに見える、思える」
He doesn’t seem to understand.
「彼は理解していないようだ」
It seems that S V=「SはVするようだ・~らしい」
It seems that he doesn’t understand.
「彼は理解していないようだ」
ご参考まで