「そこじゃないよ」は、そのまま
It's not there. とするか、この場合でしたら、
It goes to another shelf.
(それは、別の棚にしまうんだよ。)
(go で「しまう」という意味があります。shelf は 棚)
あるいは
You should put it on another shelf.
(別の棚におくんだよ)などといえばよいでしょう。
なお、2つめの文ですが、応用を一つ。
Where does this go?
(これ、どこにしまうの?)
これも覚えておいて損はないフレーズです。
ご参考まで。