I am so sorry there was a mistake, but thank you for dealing with the repayment process.
I apologize for the mistake and appreciate your correspondence.
ご質問ありがとうございます。
「ミスがあったのは残念だけどすぐ対応してくれてありがとう」は英語で「I am so sorry there was a mistake, but thank you for dealing with the repayment process.」や「I apologize for the mistake and appreciate your correspondence. 」になると思います。
「ミス」は「Mistake」です。
「残念」は「Regret」ですが、「I apologize」や「I am so sorry」に訳しました。
「対応」は「Dealing with」と「correspondence」どちらも使ってみました。「Dealing with」だと「repayment process.」も入れた方がいいと思います。「repayment process.」は「返金処理」と言う意味ですね。
役に立てば幸いです。