"Do you know ~?" は、「~を知っている、わかる」という表現です。ここでは「把握する」といったニュアンスで使われています。
「何がどこにあるのか」は、正にそのまま "what is where" と言うことができます。とても便利な言い回しで、日常でもよく使われます。同じような表現の例をいくつか挙げておきます。
"what is when"(何がいつなのか)※イベントや祝日など
"who is what"(誰が何なのか)※職業や担当など
"who is where"(誰がどこにいるのか)
"which is which"(どれがどれなのか)
是非この表現を使ってみて下さい。