ここで言っている不気味なほど上手くいっているという表現はネガティブな意味の、気味が悪い、不気味なというものではないと考えます。
よっておっしゃられているように、自分でも理解できないほど、という表現を直接訳せば、
Everything is going well beyond my comprehension.
Everything is going well beyond my expectation.
と言えるでしょう。
また、シンプルに、
Everything is going well despite my concern. 心配をよそに、
Everything is going well like magic. マジックみたいに、
Everything is curiously going well. (好奇心をもって)どうしてこんなに上手くいってるの。って感じです。