I'm having trouble understanding what you are saying.
I didn't quite get that.
ご質問ありがとうございます。
・ I'm having trouble understanding what you are saying.
=「あなたが言っている事を理解するのが難しい。(わからない)」
(例文) Sorry, I'm having trouble understanding what you are saying. Will you please explain it again?
(訳)すみません、あなたが言っている事を理解するのが難しいです(わかりません)。もう一度説明をお願いしてもいいですか。
・ I didn't quite get that.
=「よくわかりませんでした。」
(例文)I apologize. I didn't quite get that. Can you please clarify your question?
(訳)すみません。よくわかりませんでした。その質問をわかりやすく言っていただけますか。
お役に立てれば嬉しいです。
Coco