I'm having trouble understanding what you are saying.
I didn't quite get that.
ご質問ありがとうございます。
・ I'm having trouble understanding what you are saying.
＝「あなたが言っている事を理解するのが難しい。（わからない）」
（例文） Sorry, I'm having trouble understanding what you are saying. Will you please explain it again?
（訳）すみません、あなたが言っている事を理解するのが難しいです（わかりません）。もう一度説明をお願いしてもいいですか。
・ I didn't quite get that.
=「よくわかりませんでした。」
（例文）I apologize. I didn't quite get that. Can you please clarify your question?
（訳）すみません。よくわかりませんでした。その質問をわかりやすく言っていただけますか。
お役に立てれば嬉しいです。
Coco
日本 
