The prices are different between site A and site B.
「異なる」は「to differ」または「to be different」といいます。
「販売価格」はただ「price」で大丈夫です。
The price differs between site A and site B.
販売価格がサイトAとサイトBで異なります。
「Differ」を使う場合、主語の「price」は単数形です。
The price is different between site A and site B.
販売価格はサイトAとサイトBで異なります。
The prices are different between site A and site B.
販売価格はサイトAとサイトBで異なります。
Be動詞を使う場合、主語は単数形の「price」でも複数形の「prices」にしてもいいです。