「もう秋にはコロナが落ち着いていると思っていた」は英語でI thought corona would be under control by autumn.あるいはI thought corona would have calmed down by autumn.と言います。「落ち着いている」という状態は普段calm(「落ち着く」ならcalm down)と言いますが、シチュエーションによってはunder controlとも言えます。out of controlは、コロナみたいに誰もコントロールできず暴走している状態を表していて、その逆をunder controlと言います。よって、「コロナが落ち着いていると思っていた」はI thought corona would be under controlと言います。
なお、I thought corona would have calmed downとも言えますが、前方の方が自然な言い方です。