someone who can make the unmatched parts work together
ご質問ありがとうございます。
「合う」はfitとかmatchとかgelなどと言えます。この場合ではfitとmatchが特にいいと思います。
「合わない部分」はunmatched partsとかunfitted partsとかparts that don't go well togetherなどと言えます。
例文:I'm looking to see if you are a person who can make unmatched parts work together. (合わない部分も少しずつ合わせていけそうな人かどうかを見ている。)
ご参考いただければ幸いです。