「私が現在所属している部署」を直訳するとIn the department I currently belong toとなりますが、英語ではぎこちなくてあんまり使わない言い方です。単純にIn My current department(私の現在の部署)とシンプルに言った方が一番一般的です。また、少し長いですが、In the department I'm in right nowという言い方も使えます。ただし、どちらかというとカジュアルな会話に向いています。
例文
私が現在所属している部署での業務は主に新しい商品を考えています。
Our main job in my current department is to come up with new products.
私が現在所属している部署では、以前の部署とやり方が少し違う。
Our way of doing things in the department I'm in right now is different from my previous department.