I went to the movies with my friend, but we sat separately in the theater
sat apartは通じますね。自然に使えると思います。こう言う場合ではsat separatelyの方が自然だと思います。
sat separately
離れて座った
We sat separately at the movie theater
私たちが映画館では離れて座った
I went to the movies with my friend, but we sat separately in the theater
友達と一緒に映画館に行って、劇場内では離れて座った
ご参考になれば幸いです。