Thank you for walking me through this patiently. I appreciate your help.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
『ちゃんと対応してくれてありがとうございました』は、
いくつか言い方が考えられますが、
Thank you for your help. とシンプルに言えます。
但し、この場合は『書類の申請内容の確認で何度も何度も問い合わせをして、でも最後まで根気よく応対してくれたことにお礼を言いたい』とのことですので、
Thank you for walking me through this patiently. I appreciate your help. として
『最初から最後まで根気よく説明いただきありがとうございました。お手伝い感謝いたします。』と丁寧に伝えるとよいでしょう。
walk someone through は、『人に~について一通りの説明をする』と言う時によく使われる表現です。
メモ
patiently 根気よく、辛抱強く、気長に
参考になれば幸いです。