ちゃんと対応してくれてありがとうございましたって英語でなんて言うの？

こんにちは！
ご質問ありがとうございます。

『ちゃんと対応してくれてありがとうございました』は、
いくつか言い方が考えられますが、
Thank you for your help. とシンプルに言えます。

但し、この場合は『書類の申請内容の確認で何度も何度も問い合わせをして、でも最後まで根気よく応対してくれたことにお礼を言いたい』とのことですので、
Thank you for walking me through this patiently. I appreciate your help. として
『最初から最後まで根気よく説明いただきありがとうございました。お手伝い感謝いたします。』と丁寧に伝えるとよいでしょう。

walk someone through は、『人に～について一通りの説明をする』と言う時によく使われる表現です。

メモ
patiently 根気よく、辛抱強く、気長に

参考になれば幸いです。