I understand how hard it is for you to be in a new position during this difficult time.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
『大変な時期での担当交代でご苦労があるとお察しします。』は、
言い方が考えられますので、ここでは一例を挙げておきますね!
I understand how hard it is for you to be in a new position during this difficult time. として、
『このような大変な時期に新しいポジションへ就かれるということがどれだけ大変かお察しいたします。』と表現できます。
メモ
difficult time 大変な時期
参考になれば幸いです。