ーMy mother felt bad because the food she was cooking didn't cook all the way through.
「母は料理が生焼けだったので落ち込んだ」
ここの「落ち込む」は to feel bad「申し訳なく思う」を使って表現できると思います。
not cook all the way through で「中まで火が通っていない」=「生焼け」と言えます。
ーMy mother got down on herself because the meal she prepared didn't turn out the way she hoped it would.
「母は料理が思うように仕上がらなかったので落ち込んだ」
この場合の「落ち込む」は to get down on oneself「人を非難する」を使っても表現できると思います。
to turn out で「〜となる」
ご参考まで!