Each box was in a different state of messiness, but everything inside was all over the box.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
『程度は違えど』は、
いくつか言い方が考えられますが、この場合、
Each box was in a different state of messiness, but everything inside was all over the box. として
『各箱ごとに異なる乱雑さですが、中にあった全てのものは箱中に散らばっていました。』と説明できます。
メモ
all over the place 至る所に、乱雑に
使用例
pieces of paper scattered all over the place
『そこらじゅうに散らばった書類』
参考になれば幸いです。
日本 
