I'm trying to do it the way you have been telling me to.
ーI thought I was doing it the way you told me to.
「あなたが私に言った通りにやっているつもりだったんだけど」
I thought I was doing it を使って「やっているつもりだった」を表現できます。
ーI'm trying to do it the way you have been telling me to.
「あなたが私に言った通りにやっているつもりなんだけど」
I'm trying to do it を使って「やっているつもりです・するよう心掛けている」を表現できます。
ご参考まで!