「どんな見た目かではなくどんな人であるかが重要だ。」
How you look is less important than who you are.
who you areとwhoを使った場合は、その人の性格、歴史、立場、重要性を意味するような気がします。who you areをwhat you areとwhatとすることで、今度は総合的な種類や価値を表すような気がします。
多分、後者を表現したいのではないですか？いかがですか？
"Who you are matters more than how you look."
「見た目より、どんな人かの方が大事だよ。」
matters more than は「〜より大事」。
how you look は「見た目」という意味で自然です（look は 動詞 look「見える」）。
この文は、言いたいことがそのまま出ます。
2. 文章を2つに分けて、スローガンっぽく
"It’s not about how you look. It’s about who you are."
「大事なのは見た目じゃない。どんな人かだ。」
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