・It was no problem.
これは「問題ないですよ」の直訳で、上司との会話であれば一番自然で失礼のない返事です。
Thanks for working so late last night.
昨日は夜遅くまで仕事をしてくれてありがとう。
It was no problem.
問題ないですよ。
・It was fine.
「大丈夫ですよ」を直訳するとIt's fineやIt was fineとなります。上司との会話で使っても大丈夫ですが、声のトーンや言い方によっては嫌味に聞こえるかもしれないのでお気をつけください。
・Don't worry about it.
直訳すると「心配しないで」で「問題ないよ」や「大丈夫だよ」という意味でよく使われます。上司との会話には少しカジュアル過ぎますが、同僚や後輩との会話であれば適切です。
ご質問ありがとうございます。
まず、「問題ないですよ」という際は、at all「全く」をつけると、さらに良い印象を与えられると思います。
No problem at all.
「全く問題ないですよ」
また、「大丈夫です」は
It's all good.
「（全て）大丈夫です」
と表現できます。
ご参考になれば幸いです。
No problem や No worries で「問題ないですよ」を英語で表現することができます。
Don't worry about it は「心配しないで」となります。
「問題ない」を表す英語表現はたくさんあります。
文脈にもよりますが、ここでは一般的な英語表現をいくつかご紹介します：
・No problem.（問題ない）
・No worries.（心配しないで）
・Don’t worry about it.（心配しないで）
・It’s not a problem.（それは問題ではありません）
ぜひ参考にしてください。
アメリカ合衆国 
日本 
