「埋もれる」そして「隠れる」という受動的な動詞はbe embedded in そしてbe hidden underで表現できます。これらを活用し、以下のように言うことができます。
Your message was embedded in other messages.
Your message was hidden under other messages.
そして「気づかなかった(見つからなかった)」とつなげたい場合、
So I could not see it.もしくはSo I could not find it.
と言ってあげると伝わるでしょう。
参考になれば幸いです。