見た目は子供、頭脳は大人って英語でなんて言うの？

「見た目は子供、頭脳は大人」を直訳するとThe looks of a child, the brain of an adultとなります。よって、江戸川コナンになった新一はHe has the looks of a child but the brain of an adult.と言えます。

なお、この文章のlooksは「見た目」「外見」がこどもっぽいというニュアンスですが、コナンくんの場合、子供っぽいどころか、体ごとが子供になっているので、He has the brain of an adult in the body of a child.という言い方もあります。「子供の体の中に大人の頭脳を持っている」というニュアンスです。

• "The appearance of a child, the brains of an adult."
  "the appearance of ~" 「見た目は〜」"appearance" の代わりに "looks" も言えます。
  "a child" 「子供」 "kid" も言えます。
  "the brains of ~" 「頭脳は」"brains" の代わりに "intellect" も使えます。
  "an adult" 「大人」"a grown up" も使えます。

• "A child's appearance, an adult's brain."
  "a child's appearance" 「子供の見た目」
  "an adult's brain" 「大人の頭脳」

おっしゃられている内容は、以下のようにも表現できると思いました(^_^)
He has the body of a child but the brain of an adult.
「彼は子供の身体だが大人の脳みそを持っている」

あるいは、同じ趣旨の内容は、
He looks like a small kid but is smarter than an adult.
「彼は小さな子供のように見えるが大人よりも賢い」
のように表現しても良いと思います。

以上です。
少しでも参考になれば幸いです(^_^)