Either one is fine, but preferably could I sit somewhere with open seats nearby?
ご質問ありがとうございます。
このシチュエーションで、テーブル席かカウンター席の質問に対して、「Either one is fine, but preferably」という風に言えます。「preferably」は「できれば」という意味です。
そして、周りが空いている席を希望でしたら、「Could I sit somewhere with open seats nearby?」と言えます。
最終的な英文は「Either one is fine, but preferably could I sit somewhere with open seats nearby?」になります。
ご参考になれば幸いです。