ご質問ありがとうございます。
① "Well, the day went by so fast."＝「まあ、今日は本当に早く終わってしまった。」
② "Today just flew by."＝「今日はあっという間に終わってしまった。」
③ "Time flies when one is having a good time."＝「楽しい時間を過ごしていると、時間はあっという間に過ぎる。」
ご参考になると幸いです。
「今日はあっという間だった」という表現は、「Today flew by」が自然で、ネイティブスピーカーがよく使うフレーズです。「flew（flyの過去形）」は「飛ぶ」という意味ですが、ここでは時間が飛ぶように早く過ぎたというニュアンスを表現します。
別の言い方としては、
"The day went by so quickly."（今日はとても早く過ぎた）
"Time just slipped away today."（今日は時間があっという間に過ぎ去った）
「楽しい時間はあっという間に過ぎてしまいます。」という意味では、
"Time flies when you're having fun."（楽しい時は時間が飛んでいく）
アメリカ合衆国 
