この場合、次のような言い方ができると思います。
ーI don't get along with him.
「彼と波長が合わない」
to get along with ... で「人と波長が合う・相性が合う」
ーSomething about him rubs me the wrong way.
「彼とは生理的に合わない」
to rub someone the wrong way で「人にとって生理的に合わない」
ーI just don't like him for some reason.
「なぜか彼のことがどうしても好きじゃない」
for some reason で「なぜだか」
ご参考まで!
あんまりピッタリの直訳と言うのがないので、
前のアンカーの方が挙げてらっしゃらない表現例をいくつか提示させて頂きます。
Somehow I don't like him.
「どういうわけだか彼のことは好きじゃないんだ」
*somehowを入れることで、少し表現を和らげています。
後は、以下のように少し具体的に説明しても良いですね♪
I can't relax when I am with him.
「彼といる時はリラックスできないんだ」
Somehow I can't enjoy talking with him.
「どういうわけだか彼との会話を楽しめないんだ」
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)