ご質問ありがとうございます。
「箱を3段重ねにする」や「パレットの上に箱を3段積みにする」という場合の表現として、"Stack in three layers" があります。"Stack" は「積み重ねる」、"layers" は「層」を意味します。
例えば:
・Stack the boxes in three layers. (箱を3段重ねにする)
他の表現としては、
・Pile up three boxes. (箱を3つ積み上げる)
この場合 "Pile up" は "積み上げる" という意味です。