日本語の「場合」を直訳すると、caseになりますね。
英語で、株式会社Aは、認めてくれましたが(At A, it was allowed, but)、あなたの会社(御社)ではどうなのかと聞きたいときに、
Is that the case with your company?
を使えます。
最初に、At A it was allowed, butみたいな表現を使わない場合に、
How is it with your company?
がいいと思います。itは「場合」みたいな意味で使って、あなたの会社の場合ではどうなの?という意味です。
ご参考になれば幸いです!