あなたの会社の場合ではどうなのって英語でなんて言うの？

日本語の「場合」を直訳すると、caseになりますね。
英語で、株式会社Aは、認めてくれましたが(At A, it was allowed, but)、あなたの会社（御社）ではどうなのかと聞きたいときに、
Is that the case with your company?
を使えます。

最初に、At A it was allowed, butみたいな表現を使わない場合に、
How is it with your company?
がいいと思います。itは「場合」みたいな意味で使って、あなたの会社の場合ではどうなの？という意味です。

ご参考になれば幸いです！

「あなたの会社の場合ではどうなの？」を英語で言う場合、シンプルに「How about your company?」がよく使われます。

「How about」は「どうですか？」や「どうなの？」という意味で、相手に意見や状況を尋ねるときに使います。
「your company」は「あなたの会社」を指します。