Is it a problem if~?
~は問題になりますか？
日本語の通りの表現ですね。英語でも自然に使えます。
Is it a problem if the equipment is dirty?
この（器具の）汚れは問題になりますか？
Does it matter if the equipment is dirty? （器具に汚れがあるかどうかは、実験を影響しそうですか、みたいな言い方）も、
Should I care if the equipment is dirty（器具の汚れについて気にした方がいいですか？）も使っていいです！
ご参考になれば幸いです！
ご質問内容を見て一番私個人的にしっくり来たのは、他のアンカーの方も回答してらっしゃる
Is it a problem? です(*^_^*)
あとは、
Does it matter?
とかも良いと思いますが、seem toを入れる意味はこの文脈であまりない気がします。
Do you think it matters?「問題だと思いますか？」とかなら良いですね。
あとは、別の角度から、
Is it better to clean the equipment? 「装置を洗浄した方が良いですか？」
Is it better to remove the dirt? 「その汚れを取り除いた方が良いですか？」
などでも、直訳ではないですが、同じ役割は果たすと思います。
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)
★★大阪カフェレッスン英会話講師KOGACHI
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