ご質問ありがとうございます。
「休みなのに」はeven though it is a vacationに訳せます。その英訳を使用すると、上記の1番目の英文がSorry to bother you even though it is a vacationになります。そして、2番目がSorry to interrupt, even though it is a vacationになります。この二つの英文は自然ですが、上記の回答英文より長いですのでお勧めしていません。
そして、bother（迷惑する）の代わりにcontact（連絡する）を使えます。
例文：Sorry to contact you during your vacation.
ご参考になれば幸いです。
"休みなのにすみません"
- I apologize for disturbing you during break (casual)
- I apologize for disturbing you even though you are on break (a little more formal, still casual)
- Thank you for helping me despite it being a holiday (休日なのに手伝ってくれてありがとうございます）
- I'm sorry for bothering you on a holiday
アメリカ合衆国 
